日本METI备案的办理机构主要是日本经济产业省（METI）本身或其授权的注册登记机构。这些机构负责审核和批准提交的备案申请，确保产品符合日本的相关法律和法规要求。此外，还有一些第三方检测机构和服务提供商可以协助企业完成METI备案的申请过程，包括准备申请材料、提供咨询和指导等。

值得注意的是，中国质量认证中心（CQC）是获得日本经济产业省（METI）授权的中国境内第一家PSE认证机构。CQC可以承担日本PSE强制性产品认证，为中国的出口企业提供了便利的认证服务。然而，在METI备案的具体办理过程中，仍需要遵循日本METI的相关规定和要求。

日本METI备案的难度主要体现在以下几个方面：

1.法规和标准要求严格：日本对进口产品的法规和标准要求非常严格，包括产品安全、环保、性能等多个方面。企业需要全面了解并遵守这些要求，否则可能会导致备案申请被驳回。

2.申请材料复杂且繁琐：METI备案申请需要提交大量的文件和资料，包括产品信息、制造商信息、测试报告等。这些材料需要真实、准确、完整，并且符合METI的特定格式和要求。准备这些材料需要耗费大量的时间和精力。

3.审核流程严格且耗时：METI备案的审核流程非常严格，需要对提交的材料进行逐一审核和评估。审核时间通常为1-2周，但具体时间可能因产品类型和申请情况而有所不同。如果材料不齐全或不符合要求，可能会导致审核被驳回或延迟处理。

4.语言和沟通障碍：由于日本METI备案的官方语言是日语，对于不熟悉日语的企业来说，可能会存在语言和沟通障碍。这可能会影响申请材料的准备和提交，以及与METI的沟通和协调。

5.专业知识和技能要求：METI备案涉及多个领域的知识和技能，包括产品安全、环保、性能等方面。企业需要具备相应的专业知识和技能，以便准确理解和遵守METI的法规和标准要求。

综上所述，日本METI备案的难度主要体现在法规和标准要求严格、申请材料复杂且繁琐、审核流程严格且耗时、语言和沟通障碍以及专业知识和技能要求等方面。为了顺利完成METI备案，企业需要充分了解并遵守相关法规和要求，准备充分且准确的申请材料，并与专业的第三方检测机构和服务提供商合作，以获得必要的咨询和指导。